Główną przyczyną reformacji w Rzeczypospolitej Obojga Narodów był konflikt między szlachtą a katolickimi duchownymi. Szlachtą nie spodobało się to, że duchowni żyją dostojne i posiadają więcej uprzywilejowanych pozycji niż on m.in lekceważenie przepisów, rozwiązły tryb życia, lekceważenie przepisów prawnych i duchownych, większe pomnażanie dóbr doczesnych.
Rozwój reformacji
Luteranizm- Dzięki bliskim kontaktom z Niemcami najwcześniejsze idee Marcina Lutra były wspierane przez szlachtę w zachodniej i południowo-zachodniej Polsce (Śląsk, Wielkopolska i Pomorze). Jednym z głównych ośrodków wpływów protestanckich na ziemiach polskich był Wrocław (otworzył on bramy luteranizmowi już w 1521 r.). W północnej Polsce i na Litwie Prusy Książęce stał się ośrodkiem propagandy protestanckiej za panowania Albrechta Hohenzollerna. Na uniwersytecie w Królewcu wielu polskich luteranów otrzymało kolektywne wykształcenie. Ukazuje się tu także pierwsza Biblia przetłumaczona na polski. Po sekularyzacji Kurlandii w 1561 r. obszar ten był również pod wpływem luteranizmu. Nowa religia uzyskała wpływy na Pomorzu Zachodnim (zatwierdzona w 1534 r.) bez większych przeszkód. Tylko na Śląsku miejscowa ludność trwale podzielona pozostawała na katolików i protestantów. Głównie dlatego, że dynastia Habsburgów była wrogiem reformacji.
W 1520 r. Zygmunt Stary wydał pierwszy dekret zakazujący nauczania nauk Marcina Lutra. Daje też Kościołowi prawo do cenzurowania ksiąg. Kolejne dekrety wydano w latach 40. XVII w. (m.in. 1543), ale groźba i tłumienie protestantów powoli zaczęło słabnąć. W końcu śmierć Zygmunta Starego przyczyniła się do szerzenia się reformacji w Polsce. Jego następca, Zygmunt August stał się bardziej tolerancyjny dla „nowości” religijnych (choć w 1550 r. wydano edykt królewski nakazujący szlachcie porzucenie herezji, to nadal jest to martwa litera).
Kalwinizm- Tendencja demokratyczna i hipoteza decentralizacji reprezentowana przez kalwinizm sprawiły, że był on wspierany głównie przez szlachtę i niektórych wpływowych ludzi. Stanie się (według polskiej szlachty) czynnikiem łączącym szlachciców w walce z autorytarnymi tendencjami reprezentowanymi przez monarchę.
Kalwinizm był wspierany przez małopolskich i litewską szlachtę. W 1552 zaproponowała plan utworzenia Polskiego Kościoła Narodowego. Powinna jednoczyć wszystkie wyznania (w tym prawosławie). Model brytyjski służy do utrzymania hierarchii kościelnej i większości rytuałów. Monarcha jest przywódcą kościoła, a Zgromadzenie Narodowe jest najwyższym autorytetem. W 1555 Izba Gmin zaproponowała powołanie komisji narodowej. Zygmunt August przyjął to, ale Stolica Apostolska się temu sprzeciwiła. Nie zgadza się m.in. ze zniesieniem celibatu, dwóch form komunii i liturgię w języku polskim. Po tym, do pomysłu powstania Kościoła Polskiego, już nie powrócono.
Arianie- głoszą, że każdy jest bratem, więc nikt nie powinien wykorzystywać innych. Konsekwencją tego stanowiska jest np. odmowa pełnienia służby wojskowej czy wyzwolenie chłopów z pańszczyzny. Polscy bracia sprzeciwiają się własności prywatnej i różnicom narodowym. Ich aktywizm społeczny był przyczyną, dlaczego darzona ich niechęcią. Odzwierciedleniem tej postawy jest umowa sandomierska zawarta w 1570 r., która nie zaprosiła Arian do udziału. Dzięki temu porozumieniu osiągnięto kompromis i współpracę między katolikami i protestantami (oprócz oczywiście polskich braci).
Konfederacja Warszawska
W przeciwieństwie do innych krajów europejskich, w Polsce nie ma prześladowań religijnych ani wojen. Ponieważ jest to kraj wieloetniczny i wieloreligijny, zgadzają się z nim wszystkie wyznania. Chociaż Zygmunt I Stary i Zygmunt II August wydali dekrety przeciwko nowym wyznaniom religijnym, nie zapobiegło to ich rozprzestrzenianiu się na dworze. Reformacja miała wielu sojuszników w najbliższych kręgach monarchy i dygnitarzy.
Polska arystokracja absolutnie nie próbowała podejmować działań przeciwko dysydentom, przeciwnie, na spotkaniach Sejmu i sejmików współpracowali katolicy, protestanci i prawosławni. Inną formą zgody jest przyjęta w 1573 r. konfederacja warszawska, w której szlachta zobowiązała się szanować wszystkie religie w kraju. Dlatego w Rzeczypospolitej nigdy nie doszło do krwawego prześladowania żadnej sekty. Stąd nazwa dla Polski “kraj bez stosów”.
Reformacja wywarła bardzo pozytywny wpływ na polską kulturę. Przyczyniła się do rozwoju literatury. Wzrosła liczba drukarzy i książek wydawanych w Polsce. Ideę reformy religijnej propagowali znani barokowi poeci Jan Andrzej i Zbigniew Morsztyn, Wacław Potocki (zwolennik ariański), Mikołaj Rej (kalwinista), a także wybitni pisarze i politycy tego okresu Andrzej Frycz Modrzewski. Najsłynniejszym działaczem epoki reform był Jan Łaski, autor programu integracji kościołów protestanckich w Polsce.